我真的这么晚写的？或者是1615？——7 Feb ‘25 12:50

软件环境

GIMP

在2021年4月20日，最新版是2.10.24。

ImageJ (NIH , GitHub )

NIH Downloads ，选择Platform Independent的就好，自己去下载JRE去，亲测JRE 11似乎支持的样子。当然也可以选择自己平台对应的下载项。

在2021年4月20日，最新版是v153。

TanonImage GelCap

  • 保存时选择High-bit TIFF得到的文件，或者从AutoSave文件夹里面扒出来的TIF，都是原图；
  • GelCap上面调节的只是显示范围，只有在保存为8-bit TIFF时才能保存屏幕上的显示效果；
  • GelCap可以实现不同曝光图像的叠加（但是我不会）
  • Auto曝光时时间测定是以红框内为准的。双击清除红框，可以重选红框实现更准确的Auto曝光测定
  1. 先拍明场照片
  2. 然后选好红框区域到膜的区域
  3. 可以单张拍摄
    1. Auto曝光
    2. 保存原图
    3. 自己调整图像显示，保存几张8-bit图片
  4. 也可以连续拍摄
    1. 建议等时间间距，加上基础曝光时间
    2. 然后叠加显示
    3. 保存的时候选择Multi-page TIFF，再选择High-bit TIFF，就是原图了
    4. 同样可以自己调整显示后，保存8-bit图片

GIMP Rotate & Crop to selection

  1. 显示水平参考线
    1. View -> Show Grid，直接显示网格
    2. 或者从Ruler上面拖一条参考线下来（最后通过Image -> Guides -> Remove all Guides来清除掉）
  2. Tools -> Transform Tools -> Rotate (or Shift-R)
  3. Tools -> Selection Tools -> Rectangle Select (or R)，选择条带+背景区域
  4. Image -> Crop to Selection，得到旋转与裁剪后的膜的图像
  5. 全部复制到Word里面，再去裁剪出条带

GIMP Brightness & Contrast

  1. 最好是先把图像切到只有膜
  2. 可以打开Histogram (Windows -> Dockable Dialogs -> Histogram)
  3. Colors -> Brightness-Contrast
  4. Edit these Settings as Levels
  5. All Channels - Auto Input Levels，或者自己手动调节显示范围
  6. 之后可以手动调节一下Output Levels
  7. 可以通过Split View，同时比较处理前与处理后图像的变化情况
  8. Click OK

ImageJ （半）定量分析WB条带

Bugs

  • 似乎这里的Integrated Density是对白色进行积分的，而我们的条带目前是白背景黑条带。这里的结果就十分的反直觉。同时，采样精度大概也不一定是full 16-bit （凝胶成像是14~15 bits，发光成像似乎是16-bit ），这计算结果就必定涉及到背景与条带的相减才能得到线性的关系，同时得保证积分区域大小要一样
  1. 建议先切好图片，记得保留作为背景的空白区域
  2. 先File -> Open，或者直接把图片拖进主窗口，当状态栏显示了<< Drag and Drop >>的时候放手就好
  3. Process -> Subtract Background => Click OK
  4. Analyze -> Set Measurements => Click OK
    • Area
    • Mean gray value
    • Min & max gray value
    • Integrated density
  5. Click *Rectangle* Selection / *Oval* Selection on the toolbar
  6. 圈出条带
  7. Analyze -> Measure (Ctrl-M or M)
  8. 圈出背景，同样步骤测量。需要注意条带、背景的区域需要一样大。
  9. 在Results窗口中，复制数据到Excel，或者直接File -> Save as，导出为CSV
  10. 计算时，以IntDen (Integrated Density) 字段为条带灰度值积分。需要扣除背景灰度值。由于测量结果似乎是白色的积分我也没有办法，只能用背景去减条带了。
  11. 最后，将蛋白与参比蛋白的灰度值积分相除就行了，就得到了对参比蛋白归一化情况下蛋白的含量数据。这两种蛋白圈选区域不一样大似乎也没关系。
  12. ￭￭. ￭ ￭￭推荐用GraphpadPrism进行数据分析。

GIMP Colorize & Merge （伪彩合成Pseudo-Color Overlay ）

  1. 这个得用原图，不能切，不能旋转（大概可以先把其他地方背景给删掉？）
    1. 先Rectangle Select
    2. 再Select -> Invert (Ctrl-I)
    3. Edit -> Clear（Delete ）/ Edit -> Fill with BG Color (Ctrl+.)
  2. 先处理一下Brightness-Contrast
  3. Image -> Mode -> RGB (ensure the image is in RGB mode)
  4. Colors -> Colorize
  5. 点击Color后面的颜色块，选择需要的颜色（比如#e884f7 ）
  6. 调节Lightness，一般大于0，在0.5左右，让颜色不是出现在背景上，以及深色部分不要是黑色
  7. Click OK
  8. Color -> Color to Alpha
  9. Click OK
  10. 把背景拖到Layers里面去，调整图层顺序，就可以导出了。