使用UCSC Xena进行Kaplan-Meier生存曲线分析

打开UCSC Xena 网站。
在Study一栏中，选择I know the study I want to use，并选取自己需要分析的数据库。点击Done以提交选择。
在First Variable一栏中，于Select Data Type选中Phenotypic，之后找到sample_type并勾选。点击Done以提交选择。
这一步是为了在后续的分析中挑选出Primary tumor样本以进入后续数据处理。
在Second Variable一栏中，于Select Data Type选中Genomic，在Add Gene or Position文本框中输入并选中需要分析的基因，并在下面的Dataset一栏中勾选Gene Expression，以进行基因表达量的分析。点击Done以提交选择。
在上方中央Type here or use dropper to select samples中，输入B:"Primary Tumor"，点击三条横线组成的倒三角图标，在下拉菜单中选中Keep samples，以只保留原位瘤的转录组数据，避免后续分析中出现重复的样本。
.在C栏右上角的三个小圆点处单击，于下拉列表中选择Kaplan Meier Plot，点击进入绘图界面。
在绘图界面中，可以从2 groups, 3 groups与Quartiles中选择一种划分基因表达水平的方式，具体划分依据请将鼠标停留在对应选项上并阅读屏幕提示。
下拉列表中可以选取不同种类的数据图。
Custom survival time cutoff可以控制绘图区域的大小。
数据图绘制结果与四分位统计表都在左侧的绘图区中，差异分析的P-value显示在右侧。需要注意，若数据处理存在问题，P-value右侧可能会出现红色感叹号的警告标志。
右侧还有图表下载按钮，能够以不同格式下载绘制的数据图。